Η κλήρωση του Πρωταθλήματος Football League 2016-2017 θα πραγματοποιηθεί στις 5 Σεπτεμβρίου και ώρα 19:00 μία ημέρα νωρίτερα από το προγραμματισμένο λόγω του ότι προγραμματίστηκε από την ΕΠΟ η διεξαγωγή των αγώνων της 1ης φάσης του Κυπέλλου Ελλάδας 2016-2017.
Με μείον δύο βαθμούς θα ξεκινήσει το νέο πρωτάθλημα της Football League ο Αχαρναϊκός καθώς το Διαιτητικό Δικαστήριο της ΕΠΟ διατήρησε την ανωτέρω ποινή που είχε επιβάλει η Επιτροπή Εφέσεων της ΕΠΟ και η οποία αφορούσε την διακοπή του αγώνα Αχαρναϊκός - Χανιά.
Πειθαρχικές διώξεις άσκησε ο Αναπληρωτής Υπεύθυνος Άσκησης Δίωξης Ποδοσφαιρικών Αδικημάτων Στέφανος Μπαξεβάνης, σε βάρος του Αλέξη Κούγια, της ΑΕΛ, της Αναγέννησης Καρδίτσας, της Λαμίας και της Καλλονής.