Η κλήρωση του Πρωταθλήματος Football League 2016-2017 θα πραγματοποιηθεί στις 5 Σεπτεμβρίου και ώρα 19:00 μία ημέρα νωρίτερα από το προγραμματισμένο λόγω του ότι προγραμματίστηκε από την ΕΠΟ η διεξαγωγή των αγώνων της 1ης φάσης του Κυπέλλου Ελλάδας 2016-2017.